2026년 중소기업 연구인력지원사업 시행: “R&D 인재 확보가 생존이다” 상세 분석 및 보안 대책 가이드

중소기업 연구인력지원사업

​머니밸류 경제팀 | 2026년 2월 4일 카테고리: 정책

​중소벤처기업부가 국내 중소기업의 기술혁신 역량을 강화하고 신성장동력을 창출하기 위해 중소기업 연구인력지원사업의 2026년도 시행계획을 확정 발표했다. 이번 사업은 고질적인 인력난을 겪고 있는 중소기업 현장에 신진 및 고경력 연구인력을 공급함으로써, 단순한 인건비 지원을 넘어 기업의 미래 경쟁력을 담보하는 핵심적인 정책 수단으로 작용할 전망이다. 특히 올해는 제조AI 중소기업에 대한 지원 확대와 비수도권 외국인 인재 우선 지원 등 변화된 산업 환경을 반영한 세부 지침들이 포함되어 있어 기업들의 철저한 준비가 요구된다.

​■ 2026년 중소기업 연구인력지원사업의 핵심 골자와 지원 규모

​이번 중소기업 연구인력지원사업은 크게 채용 지원, 파견 지원, 양성 지원의 세 가지 트랙으로 운영된다. 지원 규모는 신규 과제 기준 총 775개 내외로, 신진 연구인력 채용 지원 260개, 고경력 연구인력 채용 지원 85개, 공공연 연구인력 파견 지원 30개, 그리고 연구인력 현장맞춤형 양성 지원 400여 개사로 구성되어 있다.

​특히 눈에 띄는 대목은 ‘제조AI 중소기업’에 대한 파격적인 혜택이다. 일반적인 중소기업이 신진 또는 고경력 사업 중 하나만 수행 가능한 것과 달리, 스마트공장 수준확인기업 등 제조AI 요건을 충족하는 기업은 신진과 고경력 연구인력을 각각 1명씩, 최대 2명까지 동시에 지원받을 수 있다. 이는 디지털 전환(DX)을 서두르는 제조 현장의 목소리를 적극 반영한 결과로 풀이된다.

내역사업명 신규 지원규모 지원 내용 요약
신진 연구인력 채용 260개 과제 내외 학위취득 5년 이내 청년, 연봉 50% 지원
고경력 연구인력 채용 85개 과제 내외 경력 석사 10년·박사 5년 이상 등, 연 5천만원 限
공공연 인력 파견 30개 과제 내외 공공연구기관 연구원 파견, 연봉 50% 지원

​■ 신진 연구인력 채용 지원: 청년 인재를 통한 기술 혁신

중소기업 연구인력지원사업의 신진 연구인력 지원은 학위 취득 후 5년 이내인 만 39세 이하의 청년 연구원을 채용할 때 가장 효과적인 지원책이다. 기준 연봉의 50% 이내에서 최대 3년간 지원하며, 전문·학사부터 박사급까지 학위별로 지원 한도가 설정되어 있다.

​주목할 점은 ‘장기근속 노력기업’에 대한 추가 인센티브다. 내일채움공제 가입이나 중기부 계약학과 학위과정 지원을 이행하는 기업에는 기본 40% 지원에 10%p를 더해 총 50%의 정부지원금을 제공한다. 이는 중소기업의 고질적인 문제인 ‘인재 유출’을 막기 위한 정책적 배려다. 외국인의 경우 국내 석사 학위 이상을 보유하고 적합한 체류 자격을 갖췄다면 신청이 가능하다.

​■ 고경력 연구인력 채용 지원: 베테랑의 노하우를 이식하다

중소기업 연구인력지원사업의 고경력 연구인력 채용 지원은 풍부한 현장 경험을 가진 베테랑 연구원을 영입하고자 하는 중소기업에 최적화되어 있다. 전문학사 16년, 학사 14년, 석사 10년, 박사 5년 이상의 연구 경력을 보유한 인력이 대상이다. 연령 제한 없이 지원이 가능하며, 정부는 연봉의 50%를 연간 최대 5,000만 원까지 지원한다.

​특히 2026년에는 전문학사 학위 소지자의 경력 요건이 구체화되면서 문턱이 조정되었고, ’25년 시니어 과학기술인 경력이음 사업 참여 인력을 채용할 경우 가점 3점을 부여하는 등 유관 사업과의 연계성도 강화되었다.

구분 가점 항목 점수
지역 이전 수도권에서 비수도권으로 이전 채용 5점
기업 인증 우수 기업부설연구소 지정 기업 3점
성과 우수 중기부 장관 표창 또는 R&D 우수성과 50선 2점

​■ 보안 등급 분류와 보안 대책: 기술 유출 방지의 첫걸음

​중소기업 연구인력지원사업에 참여하는 모든 기업은 ‘중소기업기술개발 지원사업 보안대책’ 지침을 엄격히 준수해야 한다. 사업 신청 시 기업은 해당 과제의 보안 등급을 스스로 판단하여 표기해야 하며, 보안 등급은 크게 ‘보안과제’와 ‘일반과제’로 분류된다.

​보안 등급 분류 기준에 따르면, 유출 시 국가안전보장이나 국가경쟁력 확보에 막대한 지장을 끼칠 우려가 있는 정보는 I급 또는 II급 보안과제로 관리된다. 보안과제로 지정될 경우, 외국인 참여 시 중소벤처기업부의 사전 승인을 받아야 하며, 외국 연구자와의 접촉 시 10일 이내에 보고해야 하는 등 강화된 관리 의무가 부여된다. 또한, 연구개발기관장은 ‘연구보안심의회’를 구성하여 자체적인 보안 관리 체계를 확립해야 한다.

보안등급 분류 기준 요약
I급 유출 시 외교관계 단절, 전쟁 유발, 국가방위 위태 우려 핵심 정보
II급 유출 시 국가안보 및 국가경쟁력에 막대한 지장을 끼칠 우려가 있는 정보
일반과제 보안과제로 지정되지 않은 일반적인 연구개발 과제

​■ SMTECH 접수 실무: 에러 없이 신청하는 법

​중소기업 연구인력지원사업 신청은 중소기업 기술개발사업 종합관리시스템(SMTECH)을 통해 온라인으로만 진행된다. 실무적으로 가장 많이 발생하는 실수는 인력 정보 등록 과정에서의 누락이다. 대표자, 연구인력, 실무담당자 모두 반드시 SMTECH 개인 회원가입이 되어 있어야 하며, 특히 연구인력은 시스템상 ‘연구책임자’로 등록되어야 한다.

접수 과정에서 “미존재하는 연구자입니다”라는 에러 메시지가 뜬다면, 해당 인력의 마이페이지에서 학력 및 경력 정보가 최신화되었는지 확인해야 한다. 또한, NTIS를 통한 ‘차별성 검토 보고서’ 제출은 필수이므로 유사도 60% 기준으로 미리 검토를 마쳐야 한다.

필수 제출 서류 형식 및 주의사항
연구개발계획서 (Part II) 한글(HWP) 파일, 페이지 제한 준수
학위증명서 PDF 스캔본, 해외 학위는 번역공증 필수
고용보험 자격이력내역서 전체 이력 포함 발급 (근로자용)
차별성 검토 보고서 NTIS 발급 PDF 결과증

​■ 외국인 연구원 채용 시 비자 및 절차 주의사항

​글로벌 인재 영입을 고려하는 중소기업이라면 외국인 연구원의 비자 유형을 면밀히 살펴야 한다. 기본적으로 연구(E-3), 특정활동(E-7-1), 재외동포(F-4), 영주(F-5) 비자 소지자가 지원 가능하다. 특히 국내 대학 석사 이상 학위 소지 외국인은 고용보험 대신 산업재해보험 가입 이력으로 증빙이 가능하므로 유연한 대처가 필요하다.

​비자 변경이 필요한 경우 통상 1개월 이상의 시간이 소요되므로, 협약 시작일인 2026년 6월 1일 전까지 모든 행정 절차를 마칠 수 있도록 서둘러야 한다. 비수도권 중소기업이 외국인 우수 인재를 채용할 경우 선정 시 우선 지원(10%) 혜택이 있다는 점도 전략적으로 활용할 가치가 있다.

​■ 결론 및 향후 전망: R&D 인력 지원, 기회는 준비된 자에게

​2026년 중소기업 연구인력지원사업은 중소기업이 직면한 인력난과 기술 격차 문제를 해결할 수 있는 강력한 사다리다. 하지만 복잡한 자격 요건, 엄격한 보안 지침, 그리고 세밀한 행정 절차를 간과했다가는 선정의 기회를 놓칠 수 있다.

​정부는 이번 사업을 통해 단순 인건비 보조를 넘어, 중소기업이 자생적인 R&D 생태계를 구축하기를 기대하고 있다. 따라서 기업들은 사업 계획서 작성 시 단순한 인력 채용 목적을 넘어, 해당 인력이 기업의 핵심 기술 로드맵에 어떻게 기여할 것인지에 대한 구체적인 비전을 제시해야 한다. 접수 마감일인 3월 6일 오후 6시까지, 서류 미비로 인한 탈락이 없도록 다시 한번 체크리스트를 점검해야 할 시점이다.

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